Farnosť Rožkovany sa v schematizmoch uvádza ako starobylá farnosť, ktorej pôvod siaha do 13. storočia. Prvý kostol stál na kopci, severne oproti dnešnému kostolu na starom cintoríne, v lokalite zvanej Koscelisko. Patrón kostola sa predpokladá sv. Anton pustovník. Predpokladá sa, že kostol v 13. storočí bol murovaný a kamenný, postavený v románskom slohu. 


Historik Ferdinand Uličný  uvádza, že v Rožkovanoch v tunajšom kostole pôsobil od začiatku 90. rokov 16. storočia evanjelický kazateľ. Najneskôr od roku 1591 sa dedina stala sídlom evanjelickej farnosti. Iný prameň hovorí, že od roku 1600 pôsobil v dedine katolícky kňaz. V roku 1614 prestúpil k evanjelikom.
V roku 1614  sa  v  dedine uskutočnila schôdza šarišsko - evanjelického dekanátu.  Ďalšie zhromaždenie sa konalo 3. októbra 1615, riešila sa otázka manželstva. Bohoslužby sa vysluhovali nepretržite do roku 1672,  kedy  sa   začalo   evanjelikmi  nazývané  „desaťročné  prenasledovanie“  katolíkmi.  Vtedy  zanikla aj miestna evanjelická farnosť. Až v roku 1690 opäť  do dediny  prišiel kazateľ,  ktorý  obnovil bohoslužby v miestom kostole. 

Prvý priamy záznam  o kostole  s  vežou  je  z roku 1636, o ktorom sa  hovorí,  že  bol postavený  z kameňa.  Inventár  tvoril  2  kalichy,  jeden z nich bol cínový a druhý strieborný, pozlátený s paténou, červený ornát, 2 alby a 4 ručníky. Kostol mal kryptu, v ktorej boli pochovaní členovia rodu Roškováni. 

Od roku 1716 sa začala písať cirkevná matrika.  Seniorska vizitácia z roku 1720 potvrdzuje, že kostol a fara patrili evanjelikom. V rokoch 1732 a 1734  sa  začali  konať  kroky  k   rekatolizácii.  Kostol a  fara sa do rúk katolíkom definitívne vrátili 27. júla 1734. V roku 1737 bol kostol požehnaný a v apoštolskom breve  mu boli  udelené  odpustky na  sv. Floriána,  mučeníka 4. mája a na sv. Štefana, uhorského kráľa 20. augusta. Komunita rožkovianskych evanjelikov tvorila filiálku patriacu pod Lipany.  Keď  sa  v hornotoryskej  kotline  zobrali  všetky  kostoly  evanjelikom,  komunita bola pričlenená k Sabinovu, pravdepodobne až do konca 18. storočia. 
V 18. storočí boli vo veži 2 zvony, veľký bol nefunkčný zasvätený sv. Donátovi a menší. Tretí malý zvon bol vo vežičke nad loďou kostola. Ním sa dávalo znamenie na evanjelium a na pozdvihovanie. 

V 19. storočí v roku 1856 nitriansky biskup Augustín Roskoványi dal postaviť nový kostol, ktorý v roku 1858 bol dokončený, a zasvätený sv. Antonovi pustovníkovi. Patrocíniums staršieho kostola z roku 1331 bolo prenesené na novopostavený klasicistický kostol z roku 1858. Zakúpené bolo nové zariadenie: krstiteľnica, organ, zvon a 4 obrazy od Spoločnosti sv. Severína (obraz sv. Antona pustovníka, Sedembolestnej Panny Márie, sv. Anny). Augustín Roškováni daroval pre nový kostol zvon, ktorý je funkčný aj v súčasnosti. Pred 1. svetovou vojnou boli vo zvonici 4 zvony. Počas 1. svetovej vojny zrekvirovali  vojaci 3 zvony,  z ktorých  odlievali delá. Ostal iba jeden zvon.  V  súčasnosti sú vo veži kostola
3 zvony. 

Súčasný klasicistický kostol je jednoloďový s rovným uzáverom presbytéria a do štítového priečelia vstavanou vežou. Kostol má klasicisticky  upravenú fasádu  s  lizénami  a  podstrešnou rímsou. Na rohu lode je diagonálne postavený dvojstupňový oporný pilier, na ktorom je epitaf s erbom z roku 1618. V roku 1981 sa konala oprava kostola a prístavba skladu k sakristii. 

Za oltárom na stene visel oltárny obraz sv. Antona a sv. Pavla pustovníkov od mníchovského maliara Jána Mauschka z roku 1858. V súčasnosti obraz visí v presbytériu nad vchodom  do sakristie.  Cez  pôstne obdobie sa prekrýval tento oltárny  obraz plátnom, na ktorom bol zvýraznený pôstny motív – ukrižovaný Kristus. Tento oltár bol až do roku 1958, pokiaľ zakúpili nový.